主計室下分四組， 一組負責年度概預算編列、年度決算作業、專項工程經費審核等業務，教育部計畫經費審核及傳票編製、 二組負責校內分配經費、場地設備管理、捐贈、推廣教育、保證金等經費審核及傳票編製， 三組負責科技部計畫、代收款等經費審核及傳票編製， 四組負責農委會、其他政府機關、私人單位及管理費等經費審核及傳票編製。
